Journal of Advanced Biomedical Sciences
مجله علوم زیست پزشکی پیشرفته
J Adv Biomed Sci.
Medical Sciences
http://jabs.fums.ac.ir
1
admin
2228-5105
2783-1523
8
7
14
8888
13
en
jalali
1399
5
1
gregorian
2020
8
1
10
3
online
1
fulltext
en
پیشگویی اپی توپ های پیوسته زنجیره های سبک ایمونوگلوبولین انسان توسط ایمونوانفورماتیک (مقاله انگلیسی)
In Silico Prediction of Continuous Epitopes on Human immunoglobulin Light Chains
ايمونولوژي
Immunology
پژوهشي
Research
<div style="text-align: justify;"><strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">زمینه و هدف:</span></span></strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> ایمونوگلوبولینها که نقش حیاتی در دفاع علیه میکروارگانیسم ها دارند</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">,</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> از زنجیره های سبک و سنگین</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> تشکیل شده اند.</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> زنجیره</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">های سبک به</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">دو</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">ایزوتیپ</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">کاپا و</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">لامبدا تقسیم</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">می</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">شوند</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">.</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> تغییرات قابل توجهی در نسبت زنجیره های</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">کاپا</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">به </span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">لامبدا در برخی بدخیمی های لنفوسیتهای </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">B</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> روی میدهد. آنتی بادیهای منوکلونال ضد زنجیره های سبک</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">,</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> در تشخیص و ایمونوترا‍پی ناهنجاری های پرولیفراتیو سلولهای </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">B</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> کاربرد دارند. هدف مطالعه حاضر تعیین اپی توپهای پیوسته زنجیره سبک ایمونوگلوبولین انسان توسط ایمونوانفورماتیک میباشد. </span></span><br>
<strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">مواد و روش ها:</span></span></strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> توالی </span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">اسید</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">های امینه و ساختار سوم</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> زنجیره سبک </span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">ایمونوگلوبولین</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">IgG) G</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">) مرجع انسان در پایگاه اطلاعاتی </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">PDB</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">، ساختار دوم</span></span> <span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">IgG</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> توسط نرم افزار </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Phyre2</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> و اپی توپهای پیوسته </span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">زنجیره های سبک </span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">توسط نرم افزار های </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Bepipred </span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Ellipro</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> تعیین شدند.</span></span><br>
<strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">نتایج:</span></span></strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> چهار</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">اپی</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">توپ</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">پیوسته</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">در دومین</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">ثابت زنجیره سبک </span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">ایمونوگلوبولین</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">انسان</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">توسط</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">نرم</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">افزار</span></span> <span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Bepipred </span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">شناسایی</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">شدند</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">. این اپی</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">توپها</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">درناحیه قرارگیری اسیدهای آمینه شماره 1۱0-۱۳۰</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">,</span></span></span> <span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">150</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">-</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">,160</span></span></span> <span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">160</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">-</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">۱۷۵</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> و۱۸۰-۲۰۵ و</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">اقع شده اند. شاخص ترین اپی</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">توپ در موقعیت اسیدهای آمینه </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">160</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">-</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">۱۷۵</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> قرار گرفته است. همچنین</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> یک</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">اپی</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">توپ</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">پیوسته</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">در ناحیه اسیدهای آمینه ۱۹۸- ۲۰۳ توسط</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">نرم</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">افزار </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Ellipro</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> شناسایی شد. </span></span><br>
<strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">نتیجه گیری:</span></span></strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> در این پژوهش تعدادی از اپی توپهای پیوسته </span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">دومین</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">ثابت زنجیره سبک ایمونوگلوبولین </span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">شناسایی شدند. این اپی توپها ابزارهای بسیار ارزشمندی جهت تولید آنتی بادیهای مونوکلونال شناسایی کننده اختصاصی</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">زنجیره سبک ایمونوگلوبولین </span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">بوده و میتوانند برای تولید کیتهای تشخیصی اختصاصی </span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">زنجیره سبک</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">، کنترل بیماریهای مونوکلونال</span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> زنجیرههای سبک</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">,</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> درمان برخی بدخیمی های لنفوسیت </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">B </span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;"> و تعیین نقشه اپی توپهای </span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">زنجیره سبک </span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:10.0pt;">مفید باشند. </span></span></div>
<div style="text-align: justify;"><strong><em>Background & Objective</em></strong>: Immunoglobulins (Igs) have a vital role in body protection against germs. Igs contain heavy and light chains. Ig light chains consist of two isotypes: Kappa and lambda. Remarkable alterations in kappa to lambda proportion could occur in monoclonal growth of malignant B cells. Anti-human light chain monoclonal antibodies (MAbs) have medical implication in diagnosis and immunotherapy of B-cell proliferative disorders. In current study, prediction of continuous epitopes in constant part of human Ig light chain by immunoinformatics is explained.<span dir="RTL"></span><br>
<strong><em>Materials & Methods</em></strong><em>:</em> Amino acid sequence and third structure of reference human IgG light chain was obtained in PDB database. Second IgG structure was identified by Phyre 2 software. Continuous epitopes of Ig light chains were delineated by Bepipred and Ellipro software programs.<br>
Results: Four continuous epitopes situated to constant domain of human Ig light chain were predicted by Bepipred software. These continuous epitopes were located at amino acid sequences 110-130, 150-160, 160-175 and 180-205 of Ig light chain. The prominent epitope was sited at amino acids 160-175. Also, one continuous epitope situated in 198-203 amino acid sequences was predicted by Ellipro software.<br>
<strong><em>Conclusion</em></strong>: In present study several continuous epitopes sited to constant part of human Ig light chain were determined. These epitopes are valuable for making specific monoclonal anti- Ig light chain antibodies and could have plausible implication in generation of specific diagnostic kits for human Ig light chain, monitoring the monoclonal light chain diseases, treatment of associated B cell malignancies and epitope mapping of Ig light chain.<br>
<br>
</div>
اپی توپ پیوسته, ایمونوگلوبولین , زنجیره سبک, ایمونوانفورماتیک
Continuous epitope, Immunoglobulins, Light chains, Immunoinformatics
2429
2438
http://jabs.fums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2628-1&slc_lang=en&sid=1
Soheyla
Rohani
سهیلا
روهانی
Rohani.Soheyla@yahoo.com
100319475328460022955
100319475328460022955
No
Department of Immunology, Faculty of Medicine, Shahed University, Tehran, Iran
گروه ایمونولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه شاهد، تهران، ایران
Fatemeh
Hajighasemi
فاطمه
حاجی قاسمی
fatimahajighasemi@gmail.com
100319475328460022956
100319475328460022956
Yes
Department of Immunology, Faculty of Medicine, Shahed University, Tehran, Iran
گروه ایمونولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه شاهد، تهران، ایران